„იქს-ადამიანები: ანიმაციურ სერიალს“ სამი ძირითადი, განვითარებული ბოროტმოქმედი ჰყავდა: სენტინელები, აპოკალიფსი და მისტერ სინისტერი. (იქს-ადამიანების ტრადიციული მტერი, მაგნეტო, მათთვის უფრო ხშირად მოკავშირე იყო და გუნდს აღორძინებულ სერიალში „იქს-ადამიანები '97“ კი შეუერთდა). სინისტერი (ახმოვანებდა კრის ბრიტონი) „იქს-ადამიანების“ მეორე სეზონის მთავარი ბოროტმოქმედი იყო, ისევე როგორც სენტინელები პირველ სეზონში. იგი გამოირჩევა ფერმკრთალი კანითა და ზვიგენის მსგავსი კბილებით. სინისტერი უკვდავი გენეტიკოსია, რომელიც დარვინულ ევოლუციაზეა შეპყრობილი და უძლიერესი მუტანტების შექმნას ცდილობს. სეზონის განმავლობაში სინისტერი იქს-ადამიანებს მრავალი ფრონტიდან ესხმის თავს. ის იტაცებს ციკლოპს (ნორმ სპენსერი) და ჯინ გრეის (კეტრინ დიშერი), რათა მათი დნმ მოიპოვოს; ის აცოცხლებს გარდაცვლილ იქს-ადამიან მორფს (რონ რუბინი), რომელიც სერიალის საპილოტე ეპიზოდში დაიღუპა, და უტარებს მას ტვინის გამორეცხვას, რათა მეგობრებზე თავდასხმისკენ უბიძგოს; ის ასევე ატყუებს პროფესორ იქსს (სედრიკ სმიტი) და მაგნეტოს (დევიდ ჰემბლენი) ველურ მიწაზე (Savage Land), რითაც იქს-ადამიანებს ლიდერს ართმევს. მიუხედავად ამისა, სერიალის ბოლო წინა ეპიზოდის, „წარმოშობა“ („Descent“) დადგომამდე, „იქს-ადამიანებს“ სინისტერის წარმოშობაზე დეტალური ინფორმაცია არ გაუვრცელებია. ალბათ მიხვდებით, რომ „სინისტერი“ მისი დაბადების სახელი არ არის და ეპიზოდი „წარმოშობა“ სწორედ ამას ამხელს. ოდესღაც ის იყო ნათანიელ ესექსი, მე-19 საუკუნის მეცნიერი, რომელიც შეპყრობილი იყო ადამიანის ევოლუციის წინსვლით. ესექსმა საკუთარი გენები შეცვალა, რათა მისი სხეული ნებისმიერი დაავადებისგან (თუნდაც დაბერებისგან) განკურნებულიყო და სიამოვნებით მიიღო ხალხის მხრიდან მისი ექსპერიმენტების „სინისტერულად“ (ბოროტად, ავისმომასწავებლად) შერაცხვა. „წარმოშობა“ თითქმის მთლიანად წარსულში ვითარდება, იქს-ადამიანების ხილვის გარეშე. მათთან ერთადერთი კავშირი არის ეპიზოდის გმირი: დოქტორი ჯეიმს ქსავიე, პროფესორ იქსის წინაპარი. „იქს-ადამიანების“ ისტორიის რედაქტორის, ერიკ ლევალდის წიგნში „Previously on X-Men: The Making of an Animated Series“ ის ეპიზოდ „წარმოშობას“ ადარებს მე-19 საუკუნის ინგლისში განვითარებულ სხვა ამბავს, რომელიც „ფრიქებს“ (განსხვავებულ, უცნაურ ადამიანებს) და მათ ექსპლუატაციას ასახავს: დევიდ ლინჩის 1980 წლის ფილმს „ადამიანი-სპილო“. „წარმოშობისგან“ განსხვავებით, „ადამიანი-სპილო“ რეალურ ისტორიაზეა დაფუძნებული. ნამდვილი ადამიანი-სპილო, ჯოზეფ მერიკი, ცნობილი იყო თავისი გარეგნობის გამო; მისი თავი სიმსივნის მსგავსი წარმონაქმნებით იყო დაფარული და მისი მარჯვენა ხელი გამოუსადეგარი იყო, რომ დავიწყოთ. (მერიკის დაავადების შესახებ დებატები გრძელდება, მაგრამ მთავარი ეჭვმიტანილია ზრდის დარღვევა პროტეუსის სინდრომი). თავისი ხანმოკლე ცხოვრების განმავლობაში (1862-1890), მერიკი კარნავალის ფრიქად იყო გამოფენილი და ხშირად მას არც კი ექცეოდნენ, როგორც ადამიანს, მიუხედავად იმისა, რომ ის ისეთივე ჭკვიანი და კეთილი იყო, როგორც ნებისმიერი სხვა. დევიდ ლინჩის „ადამიანი-სპილო“ მერიკის ცხოვრების ამბავს მოგვითხრობს. გადარქმეული ჯონ მერიკის როლი შეასრულა ჯონ ჰარტმა, რომელმაც კრისტოფერ ტაკერის მაკიაჟი ისე კარგად ატარა, რომ გჯერა, თავად მერიკს უყურებ და არა მის ხელახლა შექმნილ ვერსიას. მერიკი, რომელსაც საავადმყოფოში დოქტორი ფრედერიკ ტრივესი (ენტონი ჰოპკინსი) აკონტროლებს, ფილმის საწყისი სცენების განმავლობაში ჩუმად არის. როდესაც ის თავის ინტელექტს ამჟღავნებს, ეს შოკში აგდებს როგორც პერსონაჟებს, ასევე აუდიტორიას, რომელიც არ იცნობს მის ისტორიას – რითაც გმობს მათ, ვინც მიიჩნია, რომ მერიკის გარეგნობა მის „დაბალ“ სტატუსს უნდა ნიშნავდეს. მერიკს საუკეთესო შემთხვევაში, ზოგიერთი ბრიტანელი არისტოკრატი ცნობისმოყვარეობად აღიქვამს, რომლებსაც ახარებთ, რომ მათ წინაშე არსება ადამიანურ სულს შეიცავს. „ადამიანი-სპილო“ გადაღებულია შავ-თეთრად, ლინჩის წინა ფილმის, „Eraserhead“-ის მსგავსად – ეს ფერები მატებს სევდას და ეპოქის შესაბამის განწყობას ქმნის. მიუხედავად ამისა, „ადამიანი-სპილო“ ლინჩის ერთ-ერთი ყველაზე ხელმისაწვდომი ფილმია (თუნდაც მას ისეთივე გული ჰქონდეს, როგორც მის უფრო სიურეალისტურ ფილმებს). ეს მისი ერთადერთი ფილმია, რომელიც ბავშვებისთვის შესაფერისი – და, სავარაუდოდ, აუცილებელი სანახავია. ფილმი მათ მნიშვნელოვან გაკვეთილებს ასწავლის განსხვავებული ადამიანების პატივისცემის შესახებ, ისევე როგორც ნებისმიერი „იქს-ადამიანების“ მულტფილმი ან კომიქსი შეძლებდა. „წარმოშობაში“ სინისტერი დოქტორ ტრივესის როლს ასრულებს ცირკის ფრიქების მიღებაში. თუმცა მერიკის მხსნელისგან განსხვავებით, სინისტერი თავის „შვილებს“ ლაბორატორიულ ცხოველებად ექცევა. როდესაც სინისტერის მუტანტური ქმნილებები თავისუფლდებიან, მათ არ შეუძლიათ თავიანთი ძალების კონტროლი. მალე მრისხანე ბრბო ყალიბდება, რაც ასი წლის შემდეგ მუტანტების მიმართ შიშისა და სიძულვილის წინასწარმეტყველებაა. ჯეიმს ქსავიე, მიუხედავად იმისა, რომ თავად არ არის მუტანტი, მუტანტების ადვოკატად გამოდის. ქსავიე ერთ-ერთ მუტანტს, ირლანდიელ ემიგრანტს, სახელად თომას ფლანერს, ეკლესიაში ხვდება, რომელიც ხსნას ლოცულობს; ფლანერი ცეცხლს აგდებს, რასაც ხალხი ჯოჯოხეთის ცეცხლად აღიქვამს. ქსავიე არწმუნებს ფლანერს, რომ ღმერთს ის უყვარს. (ეს არ იყო პირველი შემთხვევა, როდესაც „იქს-ადამიანები“ რელიგიას შეეხო – „წარმოშობა“ ასევე ხაზს უსვამს ჩარლზ დარვინის ევოლუციის თეორიის მიმართ წინააღმდეგობას, რომელიც ეწინააღმდეგებოდა ღვთიური დიზაინის რელიგიურ თეორიებს.) „წარმოშობა“ იყენებს ჩარჩო-ნარატივს, რომელშიც ქსავიე სინისტერს მისდევს და შოტლანდ იარდის ოფიცერს თავის ფანტასტიკურ ამბავს უყვება. ეპიზოდი მიანიშნებს, რომ ჯეკ მფატრავი სინისტერის ერთ-ერთი ქმნილება იყო. ამასა და გიჟურ მეცნიერებას შორის, ეპიზოდი ასევე იმეორებს „ფრანკენშტეინის“ მსგავს მოტივებს. მაგრამ მაშინ, როცა ფრანკენშტეინის მიერ მონსტრის დევნამ საბოლოოდ ორივე გაანადგურა, ჯეიმს ქსავიე ასკვნის, რომ სინისტერი სხვამ უნდა დაამარცხოს. ამის შემდეგ პროფესორი იქსი შეშინებული იღვიძებს თანამედროვე ეპოქაში, რადგან სინისტერის სიცილი ქარიშხალში ისმის.